3-индооцетната киселина е вид растителен ауксин. Ауксинът има много физиологични ефекти, които са свързани с неговата концентрация. Ниската концентрация може да стимулира растежа, а високата концентрация ще потисне растежа, дори ще убие растенията. Този инхибиторен ефект е свързан с това дали може да предизвика образуването на етилен. Физиологичните ефекти на ауксина се проявяват на две нива. На клетъчно ниво ауксинът може да стимулира деленето на камбиевите клетки; стимулират удължаването на клоните и инхибират растежа на кореновите клетки; насърчават диференциацията на ксилемите и флоемите клетки, насърчават корените на резници и регулират морфологията на калуса. На ниво орган и на цялото растение ауксинът действа от разсад до узряване на плодовете. Auxin контролира обратимото инхибиране на червената светлина на удължаването на хипокотила при разсад; когато се прехвърли в долната страна на леторастите, той произвежда клонов геотропизъм; когато се прехвърли към фоновото осветление на леторастите, той произвежда клонов фототропизъм; 3-индооцетната киселина причинява апикално предимство и забавя стареенето на листата. Ауксинът насърчава цъфтежа, предизвиква партенокарпично развитие на плодовете и забавя зрялостта на плодовете.